Η αγωνιστική ανάκαμψη (1992-1994)
Την επόμενη χρονιά (1992-93) η Αναγέννηση θα κατακτήσει το πρωτάθλημα της Γ’ Εθνικής και μια νέα γενιά Αναγεννησιωτών θα δημιουργηθεί, καθώς είναι τα χρόνια όπου αρχίζει η δράση της Θύρας-3 που ακολουθεί την ομάδα έως και σήμερα.
Την επόμενη περίοδο (1993-94) αγωνιζόμενη στη Β’ Εθνική, θα έρθει το αποκορύφωμα με την μεγάλη προσπάθεια του συλλόγου να ανέβει στην Α’ Εθνική, που είναι και η τελευταία πρωταγωνιστική περίοδος της ομάδας σε υψηλό επίπεδο. Έτσι η έως τότε ερασιτεχνική ομάδα ποδοσφαίρου, μετατράπηκε για πρώτη στην 89χρονη τότε ιστορία της σε Ποδοσφαιρική Ανώνυμη Εταιρία (ΠΑΕ) την περίοδο 1993-94 επί διοικήσεως Κων/νου Ζάρρα.
Η ομάδα αναδείχθηκε άτυπα σε «πρωταθλήτρια χειμώνα» στο πρωτάθλημα, και όλος ο κόσμος της Καρδίτσας είχε ενθουσιαστεί με την πορεία της Αναγέννησης, και το στάδιο της πόλης σε κάθε αγώνα της ομάδας γέμιζε ασφυκτικά. Δυστυχώς όμως στον β’ γύρο του πρωταθλήματος, η αγωνιστική εικόνα ξεφούσκωσε, και η Αναγέννηση κατάφερε να τερματίσει 6η στο πρωτάθλημα, χάνοντας έτσι την πολυπόθητη άνοδο.
Μεταξύ Β’ και Γ’ Εθνικής (1994-2000)
Τα επόμενα 6 χρόνια η Αναγέννηση θα αγωνιστεί 5 περιόδους στη Β’ Εθνική, ενώ ενδιάμεσα θα πέσει στη Γ’ (1996-97) από την οποία όμως επανήλθε αμέσως κατακτώντας για άλλη μια φορά το πρωτάθλημα.
Πέτρινα Χρόνια (2000-2004)
Την περίοδο 1999-00 η Αναγέννηση υποβιβάστηκε ξανά από τη Β’ στη Γ’ Εθνική, από την οποία τερματίζοντας στην 15η θέση, έπεσε για μια ακόμη φορά στην ιστορία της στη Δ’.
Στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα θα μείνει για τρεις συνεχόμενες αγωνιστικές περιόδους, ώσπου την περίοδο 2003-04 παρόλο που έχασε το καλοκαίρι στο μπαράζ ανόδου με αντίπαλο το Κερατσίνι (είχε τερματίσει 2η στον 4ο όμιλο της Δ’ Εθνικής κι έτσι η άνοδος θα κρινόταν με αγώνα μπαράζ με τον 2ο του 7ου ομίλου), ωστόσο η αναδιάρθρωση των Εθνικών Κατηγοριών εκείνο το καλοκαίρι, επέτρεψε σε όλες τις 2ες ομάδες της Δ’ Εθνικής, ακόμα κι αυτές που έχασαν στους αγώνες μπαράζ, να έχουν μια θέση στη Γ’ Εθνική της επόμενης περιόδου.
Η Επιστροφή στη Β’ Εθνική (2004-2011)
Έτσι την περίοδο 2004-05 η Αναγέννηση συμμετείχε στον Βόρειο Όμιλο της Γ’ Εθνικής ξανά και μπόρεσε τον Οκτώβριο του 2004 να γιορτάσει τα 100 χρόνια από την ίδρυσή της με καλύτερη προοπτική για το μέλλον.
Έως την περίοδο 2006-07 η ΑΣΑ συμμετείχε στη Γ’ Εθνική, καταφέρνοντας δύσκολα να παραμείνει στην κατηγορία, ώσπου το 2007-08, όπου με μια αγωνιστική αντεπίθεση διαρκείας, στον β’ γύρο του πρωταθλήματος κατάφερε να τερματίσει 2η στον όμιλο, και να μπορέσει να διεκδικήσει την άνοδο στη Β’ Εθνική μετά από 8 χρόνια, μέσω αγώνα μπαράζ με την 2η ομάδα του Νοτίου Ομίλου της Γ’ Εθνικής. Έτσι στις 14 Ιουνίου 2008 στο γήπεδο της Ριζούπολης η Αναγέννηση νίκησε με 2-0 (δύο γκολ του Σωκράτη Μπουντούρη) την ομάδα της Ηλιούπολης, και πήρε το εισιτήριο που την οδήγησε την επόμενη χρονιά στη Β’ Εθνική Κατηγορία.
Έτσι η Αναγέννηση από το 2008 έως και το 2011 αγωνίστηκε στη Β’ Εθνική, οπότε και υποβιβάστηκε βαθμολογικά και εξωαγωνιστικά (για χρήση πλαστής Ασφαλιστικής Ενημερότητας) στη Γ' Εθνική. Εξ'αιτίας των χρεών όμως που κουβαλούσε η ΠΑΕ, η διοίκηση της ομάδας αποφάσισε την συμμετοχή του ποδοσφαιρικού συλλόγου στο ερασιτεχνικό πρωτάθλημα της Δ' Εθνικής Κατηγορίας.
Μια ομάδα φιλάθλων μπήκε μπροστά απο τον Οκτώβριο του 2011 και δημιουργησε όλες τις προϋποθέσεις ώστε ο σύλλογος να επανακτήσει την υγεία του και να πορευτεί βασιζόμενος στις δυνάμεις του.
Και πράγματι τ' αποτελέσματα που προήλθαν απο έναν πρωτοποριακό τρόπο διοίκησης ήταν καταπληκτικά και προκάλεσαν τον πανελλήνιο θαυμασμό.
Η Αναγέννηση επέστρεψε μέσα σε δύο χρόνια στη football league και κατέγραψε μια καταπληκτική χρονιά τερματίζοντας στην 5η θέση και χάνοντας στις λεπτομέρεις την είσοδο στα πλεϊ οφ της ανόδου!
Ο τρόπος διοίκησης συνεχίζει να είναι ο ίδιος και τ' αποτελέσματα είναι θεαματικά όχι μόνο σε αγωνιστικό επίπεδο αλλά και στην οργάνωση με την ομάδα Νέων, τις Ακαδημίες και πλέον και την δημιουργία μιας νέας ερασιτεχνικής ομάδας την "ΑΝΑΓΕΝΝΗΣΗ 2014".
Στις μεγάλες διακρίσεις αυτής της περιόδου η κατάκτηση του πρωταθλήματος του 2ου ομίλου της football league απο την ομάδα Νέων.
Σημαντικές Στιγμές
Στις 5 Ιουλίου του 1981 κατέκτησε το Κύπελλο Ερασιτεχνών Ελλάδος νικώντας με σκορ 1-0 τον Πανηλειακό στο γήπεδο του Ταύρου.
Από τις πιο σημαντικές στιγμές του συλλόγου είναι η επιτυχία τη χρονιά 1972-73 όπου τερμάτισε 2η στον 2ο όμιλο της Β’ Εθνικής όμως δεν ανέβηκε στην Α' Εθνική καθώς τότε την άνοδο κέρδιζε ο πρωταθλητής του κάθε ένα από τους τρεις ομίλους.
Επίσης το 1974-75 όπου τερμάτισε ξανά 2η θέση του 2ου ομίλου στη Β’ Εθνική σε ισοβαθμία με την Προοδευτική. Και πάλι όμως η άνοδος δεν ήρθε για τους ίδιους λόγους με τη χρονιά 1972-73.
Τέλος η ομάδα ξανά πρωταγωνίστησε στην ενιαία πια Β’ Εθνική την περίοδο 1993-94 όπου και πάλι έχασε την άνοδο στις λεπτομέρειες και παρόλο που την περίοδο εκείνη ανέβαιναν τρεις ομάδες από τη Β' στην Α' Εθνική και που το Δεκέμβριο η Αναγέννηση πήρε το άτυπο χρίσμα του Πρωταθλητή Χειμώνα εντούτοις στο τέλος κατάφερε να τερματίσει στην 6η θέση και να χάσει για μια ακόμα φορά την άνοδο.
Διεθνή Φιλικά Παιχνίδια
Η Αναγέννηση έχει αγωνιστεί στα πλαίσια φιλικών αγώνων και με ομάδες του εξωτερικού μερικές από αυτές είναι η Ακαντεμικ Σόφιας (Akademik Sofia), η ΤΣΣΚΑ Σόφιας η Ραπίντ Βουκουρεστίου και η Εθνική νέων Ρουμανίας.
Συμμετοχές στα Πρωταθλήματα
Τίτλοι
- 1961-62 - Πρωταθλητής Θεσσαλίας
- 1963-64 - Πρωταθλητής Θεσσαλίας
- 1968-69 - Πρωταθλητής Γ' Εθνικής (*Με την τότε ονομασία: Περιφερειακό Τουρνουά)
- 1980-81 - Κυπελλούχος Ερασιτεχνών Ελλάδος
- 1991-92 - Πρωταθλητής Δ΄Εθνικής
- 1992-93 - Πρωταθλητής Γ΄Εθνικής
- 1996-97 - Πρωταθλητής Γ΄Εθνικής
- 2011-12 - Πρωταθλητής Δ΄Εθνικής
- 2013-2015: Πρωταθλήτρια στη football leauge (2ος ομιλος) στο πρωτάθλημα Νέων.
Φίλαθλοι
Η Αναγέννηση είναι μια λαοφιλής ομάδα. Tον Ιούνιο του 2009 ιδρύεται και η ΛΕ.Φ.Α.Κ. 1904 ΚΑΝΑΡΙΑΙστοσελίδα ΛΕ.Φ.Α.Κ.. Δύο μήνες μετά ιδρύθηκε και ο Σ.Φ. Αναγέννησης Καρδίτσας "Αγία Παρασκευή Fans"Ιστοσελίδα "Αγία Παρασκευή Fans", στη συνοικία Αγίας Παρασκευής. Επίσης η Αναγέννηση έχει και στην Αθήνα σύνδεσμο ATHENS CLUB ASA KARDITSA Ιστοσελίδα ATHENS CLUB ASA .Την περίοδο 93-94 ηταν η πρώτη ομάδα σε μέσο όρο εισιτηρίων στο πρωτάθλημα της Β' Εθνικής και 5η σε όλες της κατηγορίες. Έχει συγκεντρώσει 12.000 φιλάθλους με Ολυμπιακό για το κύπελλο, 10.000 με Ιωνικό για αγώνα Β' εθνικής ενώ οι φίλαθλοι της είναι γνωστοί για τις πολυπληθείς εκδρομές τους όπως στο Καραΐσκάκη (4.000), στον Βόλο με τον Κολινδρό (7.000) και στη Ριζούπολη στο μπαράζ ανόδου από Γ' εθνική σε Β' εθνική τον Ιούνιο 2008 (4000).
Η Αναγέννηση διαθέτει τους πιο παλιούς και ίσως πιο πιστούς φιλάθλους στη Θεσσαλία καθώς είναι η μοναδική ομάδα που πορεύεται χωρίς καμμία συγχώνευση και αδιάλειπτα μέσα στο χρόνο.